Uma das dificuldades de excluir arquivos - duplicados ou não - é que você pode não saber se o arquivo é vital para um programa. O Removedor de Duplicados lidará com isso. Ele reconhecerá e manterá listas de exclusão configuráveis. Também criará links simbólicos para arquivos excluídos para garantir que qualquer dependência não seja destruída e tudo continue em perfeita execução.
Então, pare de se preocupar e dê uma folga a si mesmo. Faça o seu sistema voltar a funcionar melhor removendo os arquivos duplicados desnecessário e criando uma organização eficiente para os seus arquivos. O espaço que você terá, a facilidade de pesquisar por arquivos e o custo economizado para armazenar estes arquivos duplicados farão valer a pena.